- 人族的那一边 -
Mengsk和他的部队在行星Korhal IV上面重新集结了起来，他的首要目标就是重建人族帝国。他从Kerrigan身上找到了复仇的目标，反正只要随便有个目标他就乐于为之努力。人族帝国成为了各种人类派系组织中最强大的一个，控制了大多数原来人族联盟的领土。
Kel-Morian联盟和Umojan保护国一直在准备和虫族或者Mengsk决一死战。UED的执行力量在母巢之战中几乎全军覆没，只有少数几撮幸存者还藏匿在Koprulu象限当中。
Jim Raynor领导了一支反抗人族帝国的运动组织，不过屡战屡败。Arturus Mengsk用他最强大的力量——媒体和宣传来边缘化Jim的影响。Raynor有点失去信心，成天酗酒，逃避自己的过去对自己的追赶。他永远都不会原谅自己使Kerrigan落入虫族的手中。
- 神族的重整 -
从Aiur行星上逃出来的神族难民一直在艰难地从家园的毁灭中重新振作，同时通过Shakuras行星上暗黑圣堂武士的社会来寻找重新建立起自己的组织的方法。对于神族与暗黑圣堂武士来说，这种过渡时期是很艰难的，Raszagal的名字屡屡被使用，来安抚一个个受伤的灵魂。
陈旧的仲裁委员会制度被废除，在这个空缺时期，很多神族人民开始从他们古老的部落式关系中寻找领导力和身份的认同感。他们在Shakuras行星上一边像古老的时代一样团结协作一边学习着Xel'naga的科技，他们为了与虫族再战一场，研发了很多的新科技。
对Raszagal的回忆笼罩着Zeratul，他后来还被他与Samir Duran的遭遇以及Duran创造的虫-神混血生物所困扰着。在他送别Raynor离开Shakuras行星之后不久，他也离开了这个星球，很多年以来没有人知道他的消息。直到今天他一直在探索Duran和他创造的混血生物到底预示着什么。最近他发现了一些可能与Xel'naga——神族与虫族共同的祖先——有关系的事物，他还在寻找新的线索来解开谜题。
们联合了起来对抗虫族的入侵。与此同时，掉队的Raynor和少数神族决定留在行星Aiur上关闭传送门，以确保不再有新的虫族入侵Shakuras。由于自断后路，这支勇敢的部队前途一片渺茫……
- 亦敌亦友 -
暗黑圣堂武士们愁眉苦脸的领着来访的客人们拜见了他们德高望重的女族长，Shakuras行星的统治者——Raszagal。神族的第一要务就是击溃正在Shakuras行星上肆虐的虫族。Raszagal宣称Shakuras行星上的Xel'naga圣堂能够拯救整个星球，但是激活圣堂的这种力量需要两颗遗失多年水晶——Khalis水晶和Uraj水晶。
Kerrigan毫无征兆的降临在Shakuras并且告知警戒的神族人民随着主宰（Overmind）的灭亡，她已经不再是原来的那个没有灵魂的杀戮机器。然而，残存的脑虫（cerebrate）们已经开始联合起来创造新的主宰来重新执掌虫族并企图把Kerrrigan重新控制为自己的爪牙。
Kerrigan提出可以帮助神族寻找Khalis水晶和Uraj水晶，Raszagal不顾Artanis和Zeratul的反对接受了她的帮助。Kerrigan和神族战士们出发来到了行星Braxis并成功找到了Uraj水晶。在进程中它们遭遇了自称是“地球联合理事会”（UED）的人族部队。它们拒绝了UED的招降并逃脱了人类的追捕。
Kerrigan与神族组成的水晶回收部队下一个目标是行星Char——Khalis水晶的所在，同时也是靠近正在成长的新主宰的危险地带。它们与虫族以及年轻的新主宰争分夺秒，最终顺利地取回了Khalis水晶并返回了Shakuras行星。
以下是Raszagal的一段引言：
“很好，Kerrigan。我们相信你的陈述，不过我们警告你：这个星球绝对不会容忍你的背叛。”
- 悲剧降临 -
Shakuras行星上一群来自Aiur行星的神族难民倒戈背叛了暗黑圣堂武士同胞。Raszagal本来就已经身处口水战和政治斗争的中心地带，她无心与叛军妥协并下令暗黑圣堂武士们将它们消灭。Zeratul对Raszagal的指令感到困惑，不过他最终还是奉命讨伐。随着叛军的崩溃，Zeratul劝降他们的首领，结果遭到了拒绝。叛军首领称：其他的神族遭到了命运的诅咒而且Raszagal正在酝酿见不得人的阴谋。
叛军的首领还没来得及解释他背叛的具体原因，Kerrigan和她的虫族奴才们便赶来将他就地处决了。愤怒的Zeratul命令Kerrigan马上离开Shakuras行星，不想她竟欣然从命，并告知Zeratul他们原先的结盟已经达到了自己的目的：脑虫们不愿服从Kerrigan的领导，而托暗黑圣堂“朋友”的福，这些反对她的声音已经消失。
如果不激发Xel'naga圣堂的净化力量，Shakuras行星将被虫族毁于一旦。明知道消灭了入侵的虫族等于给Kerrigan帮了一个天大的忙，被逼到绝路上的神族还是只有这一个选择。Artanis和Zeratul带着两颗水晶来到圣堂的顶峰并传导出了圣堂内在的伟大力量，将Shakuras行星上的虫族化为了灰烬。
以下是Zeratul的一段引言：
“有些不对劲。我们的女族长大人从来都是智慧和仁慈的。虽然她的决策不无贡献，但是这太不像她的作风了。”
以下是Artanis的一段引言：
“或许的确如此……不过当务之急我们要讨伐我们的同胞，愿Adun宽恕我们”
(责编：周晓军)